Muzej sadrži stare ribarske alate, brodske makete, ali i predmete pronađene na pomorskim arheološkim nalazištima, koji datiraju od 3. stoljeća prije Krista do srednjeg vijeka.
Akvarij se sastoji od 18 jedinica, 50 vrsta riba i 150 riba isključivo jadranskih, koje su razvrstane po staništima u plitkom i dubokom moru. Riječ je o ribama koje većinom možemo naći u šibenskim, vodičkim i kornatskim vodama. Osim 16 akvarija s florom i faunom srednjeg Jadrana, mogu se vidjeti i makete brodova gajeta falkuša i Sv. Jeronim kao najstariji prikaz broda na Mediteranu.