Naselje se pod imenom Supetar prvi put spominje 1423. godine, a ime je dobilo po Svetom Petru.

Godine 1614. naselje ima 160 duša od pričesti, 1637. oko 200, 1668. 230, a 1697. oko 300 stanovnika. U 18. stoljeću stanovništvo naglo raste. Supetar 1705. ima 324 stanovnika, 1712. 333, 1738. oko 535, 1760. 850, a 1764. već 903 stanovnika. Zbog nagloga porasta pučanstva Supetar gubi odlike ruralnoga naselja i poprima sliku smišljene gradnje u kojoj se uz obalu podižu barokne zgrade i time stvaraju svi preduvjeti da u 19. stoljeću postane otočno upravno središte. Tome je pridonijela i gradnja crkvi. Prvotna župna crkva posvećena patronu svetom Petru sagrađena je 1604. godine. Uništio ju je požar 1729., pa su ju pučani nakanili obnoviti jer je plemstvo imalo svoju posebnu crkvicu posvećenu svetom Martinu. U tu svrhu skupili su se glavari obitelji i taksirali svakoga pojedinog za gradnju nove župne crkve. Sagrađena je 1733. godine. Obnovljena je u baroknom stilu, a od stare su sačuvana tri portala profilirana vijencem i ukrašena baroknim kipovima Boga Oca i alegoričnim ženskim likovima duge kovrčave kose sa štitovima u ruci. Novosagrađenu crkvu posvetio je hvarski biskup Bonajuti 1738., ali je zbog daljnjega porasta stanovništva i ta postala premalena pa su ju Supetrani obnovili i proširili čime je dobila današnji izgled. Dovršena je 1887., a hvarski biskup Carev posvetio ju je devet godina kasnije.